時代は1968年。
東大紛争が勃発し、学生運動が激しさを増す中、とある大学の医学部に1人の奇妙な男が在籍していた。
半白の髪、全身に残る無数の傷、傷跡を境に皮膚の色が違う顔面。
医師免許を取得するため、勉強に励むその青年の名は、間 黒男（はざま くろお）。
その天才的な手腕によって、数々の奇跡を起こすことになる彼は、後にブラック・ジャックと呼ばれる。